Yıldız Teknik Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi’nin temelleri, Üniversitemizin adının İstanbul Teknik Okulu olduğu dönemde, bu okulun 3 Haziran 1969 tarihli ve 1184 sayılı Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademileri Kanunu ile İstanbul Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi olarak yeniden teşkilatlandırılması ve bu yapı bünyesinde Temel Bilimler Fakültesi’nin kurulmasına dayanmaktadır.
Bu gelişmelerin ardından, 28 Mart 1983 tarihli ve 2809 sayılı Kanun ile Yıldız Üniversitesi kurulmuş; bu süreçte İstanbul Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi bünyesindeki Temel Bilimler Fakültesi, Fen Edebiyat Fakültesi adıyla yeniden yapılandırılmıştır.
Fen-Edebiyat Fakültesi bünyesinde, 22 Eylül 1982 tarihli ve 3939 sayılı yazı doğrultusunda, Matematik Bölümü, Fizik Bölümü, Kimya Bölümü, Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü, Mühendislik Bilimleri Bölümü, Felsefe veya Psikoloji veya Sosyoloji Bölümü, İngiliz, Fransız, Alman Dili ve Edebiyatı Anabilim Dallarını içeren Batı Dilleri ve Edebiyatları Bölümü ve Eskiçağ, Yeniçağ, Yakınçağ ve Türkiye Cumhuriyeti Tarihi Anabilim Dallarını içeren Tarih Bölümü kurulmuştur.
Yıldız Üniversitesi’nin adı 3 Temmuz 1992 tarihli ve 3837 sayılı Kanun ile Yıldız Teknik Üniversitesi olarak değiştirilmiş, Fen Edebiyat Fakültesi ismi ise korunmuştur. Takip eden yıllarda yapısal değişiklikler yaşanmış; 13 Haziran 2006 tarihli Yükseköğretim Genel Kurulu kararıyla Tarih Bölümü yerine İnsan ve Toplum Bilimleri Bölümü kurulmuş ve bünyesinde Sosyoloji, Psikoloji, Felsefe, Tarih ve Antropoloji Anabilim Dalları yer almıştır.
Fakülte yapılanmasında zaman içerisinde çeşitli değişiklikler yapılmıştır. 10 Şubat 2010 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu kararı ile Felsefe Bölümü, 11 Mayıs 2011 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu kararı ile Sosyoloji Bölümü, 16 Ağustos 2017 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu kararı ile İnsan ve Toplum Bilimleri Bölümü altında İnsan ve Toplum Bilimleri Anabilim Dalı kurulmuş; aynı karar ile Felsefe ve Sosyoloji Bölümleri, 13 Eylül 2017 tarihli karar ile ise Tarih Bölümü kapatılmıştır. Son olarak 20 Mart 2022’de İnsan ve Toplum Bilimleri Bölümü kapatılarak Sosyoloji Bölümü yeniden açılmıştır. 26 Nisan 2022 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu kararı ile ise tüm ana bilim dalları kaldırılarak her bölümün kendi ismiyle anıldığı yeni bir düzenleme yapılmıştır.